一九四一年十月起任中共中央干部审查委员会委员。
一九四二年六月起和任弼时一起负责陕甘宁边区系统分区学习委员会。同月起任西北局财经委员会成员。
一九四三至一九四五年七月，高岗任陕甘宁晋绥联防军副政治委员，
一九四三年至一九四五年九月任代理政治委员。
一九四三年五月至一九四四年二月任西北党校校长。
一九四三年二月起任西北局友军工作核心组主要负责人。
一九四四年五月出席中共六届七中全会，参加组织问题报告准备委员会和党的历史问题决议准备委员会。
一九四五年四月至六月作为陕甘宁边区代表团主任率团出席中国共产党第七次全国代表大会，被选为大会主席团成员、代表资格审查委员会委员，在大会上作关于争取中间分子、生产、作风问题的发言，当选为中共中央委员。政治局委员。后奉命赴东北，任中共中央东北局常务委员。
一九四五年十一月至一九四六年一月任北满军区司令员。
一九四六年五月至一九四九年五月任中共中央东北局副书记兼秘书长，
一九四六年八月至十二月任中共中央东北局代理书记。
一九四六年六月至一九四七年十二月任东北民主联军副政治委员。
一九四八年一月至八月任东北军区第一副司令员兼副政治委员。同年六月至一九四九年三月任中央军委东北分会委员。
一九四八年六月兼任东北局办公厅主任、政策研究室主任，
一九四九年四月兼任财经委员会主任。
一九四八年八月至一九四九年六月任东北军区第一副司令员兼任东北军区副政治委员。
一九四九年五月起任中共中央东北局书记。同年六月至一九五四年九月任东北军区司令员兼政治委员，
一九五零年十一月至一九五四年四月任党委书记。
一九四九年八月至一九五三年一月任东北人民政府主席兼人民经济计划委员会主任。
一九四九年十月至一九五四年八月任中华人民共和国中央人民政府副主席。
一九四九年十月任中央人民政府人民**军事委员会委员，
一九五一年十一月至一九五四年八月任副主席。
一九四九年十月至一九五二年八月任中共中央东北局书记，一九五二年八月至一九五四年四月任东北局第一书记，
一九五三年一月至一九五四年二月任东北行政委员会主席。
一九五二年十一月至一九五四年八月任中央人民政府国家计划委员会主席。
一九五三年调中央工作；一九五四年二月在中共七届四中全会上因同饶漱石进行分裂党、篡夺党和国家最高权力的阴谋活动受到揭发和批判。
二月十七日，第一次自杀未遂；一九五四年八月七日自杀成功。
中共全国代表会议通过决议，开除其党籍，撤销其党内外一切职务。
一九五二年十一月，高岗奉调进京，被任命为中央人民政府计划委员会主席并兼东北行政委员会主席，时人称之为“五马进京，一马当先”。
所谓“五马进京”，是指地方五位中共中央局书记邓小平、习仲勋、邓子恢、高岗、饶漱石调到党中央工作；所谓“一马当先”，是指其中的高岗位最高权最重，当时，国家计划委员会管理范围很宽，8个工业部门都由计委负责，一时有“经济内阁”之称，委员有陈云、董必武、彭德怀、邓小平、林彪、饶漱石、彭真、薄一波、邓子恢、李富春、习仲勋、李先念等。高岗权力之大，远非以后的国家计划委员会主任能比。
但是，高岗却认为自己的这个计划委员会主席是名不副实，因为他觉得政务院总理周恩来是事无巨细都要管。高岗满肚子的怨愤。一九五三年一月，华东局书记、华东军政委员会主席饶漱石调到北京，经高岗提名出任中共中央组织部部长。高岗对饶漱石说：“现在党内，刘少奇有个圈圈，周恩来有个摊摊，咱们要搞个根据地的大圈圈。他还搬弄：我们党实际上是由两个部分组成的，一个是根据地党，也就是军队的党，另一个就是白区的党；说什么刘少奇是白区党的正确路线的代表，如果没有我们这些拿枪杆子的党哪里有什么白区的党。对刘少奇在党内形成的地位，高岗就是不服。”一九五二年十二月三十一日，政务院财政经济委员会颁布了《关于税制若干修正及实行日期的通告》和《商品流通税试行办法》。新税制颁布后，商业部调整了部分商品的价格。致使一些私商纷纷提款购物存货，导致市场发生混乱。税制改革引发的混乱，引起了***的极大关注。次年一月十五日，***致信周恩来、邓小平、陈云、薄一波，对新税制提出了严厉批评。随后，***还把批评的矛头指向了政务院，认为政务院犯了“分散主义”的错误，并建议撤销以周恩来为书记的政务院党组干事会，规定政府各部门的党组直接接受中共中央领导，政府工作中一切重要的方针、政策、计划和重大事项，均须事先请示党中央，经党中央决定、批准后方能执行。v